Selvom et molekyle af skabelonen i teorien ville være tilstrækkeligt, bruges betydeligt større mængder DNA typisk til en klassisk PCR, for eksempel op til 1 µg genomisk pattedyr-DNA og så lidt som 1 pg plasmid-DNA. Den optimale mængde afhænger i høj grad af antallet af kopier af målsekvensen såvel som dens kompleksitet.
Hvis der anvendes meget lidt skabelon, vil en tilsvarende stigning i antallet af amplifikationscyklusser være nødvendig for at opnå en tilstrækkelig mængde produkt. En Taq-polymerase, der bruges til de fleste PCR-eksperimenter, har ikke en korrektionsfunktion (3'-5' exonukleaseaktivitet); fejl, der opstår under amplifikation, kan således ikke rettes. Jo højere antallet af cyklusser, jo mere udbredt vil amplifikationen af fejlbehæftet produkt være. Hvis mængden af skabelon på den anden side er for høj, vil sandsynligheden for, at primere annealer til andre (ikke hundrede procent komplementære) sekvenser, samt dannelsen af primer-dimerer, stige, hvilket vil resultere i amplifikation af biprodukter. I mange tilfælde isoleres DNA fra cellekulturer eller fra mikroorganismer og anvendes efterfølgende som en PCR-skabelon. Efter oprensning er det nødvendigt at bestemme koncentrationen af DNA'et for at kunne definere det volumen, der kræves til PCR-opsætningen. Mens agarosegelelektroforese kan tjene til at give et skøn, er denne metode langt fra nøjagtig. UV-Vis spektrofotometri er blevet etableret som guldstandarden for kvantificering af nukleinsyrer; denne direkte og derfor nemme og hurtige metode måler absorbansen af prøven ved 260 nm, og koncentrationen beregnes ved hjælp af en konverteringsfaktor.
Hvis DNA-koncentrationen derimod er meget lav (< 1 µg/mL dsDNA), eller hvis den er forurenet med stoffer, der også absorberer i 260 nm-området (f.eks. RNA, protein, salte), vil denne metode nå sine begrænsninger. I tilfælde af meget lave koncentrationer vil aflæsningerne hurtigt blive for unøjagtige til at kunne bruges, og forurening vil føre til (til tider enorm) overvurdering af den faktiske værdi. I dette tilfælde kan kvantificering ved hjælp af fluorescens være et alternativ. Denne teknik er baseret på brugen af et fluorescerende farvestof, der binder specifikt til dsDNA, kun komplekset bestående af nukleinsyre og farvestof exciteres af lyset, og det vil efterfølgende udsende lys med en lidt højere bølgelængde. Her er intensiteten af det fluorescerende signal proportional med mængden af DNA, og til bestemmelse af koncentrationen vurderes den i forhold til en standardkurve. Fordelene ved denne metode hviler på bindingens specificitet, som udelukker de ydre påvirkninger introduceret af kontaminering, såvel som på den resulterende evne til at detektere meget lave koncentrationer af DNA. Egnetheden af begge metoder afhænger hovedsageligt af prøvekoncentration og renhed; i mange tilfælde kan det endda være tilrådeligt at anvende begge metoder parallelt.
Indlægstid: 30. november 2022